Естественная растительность страны почти полностью уничтожена. Только возле горных озер и на склонах отдельных гор сохранились смешанные хвойно-лиственные леса.
В горах Сальвадора растут дубовые рощи, а в долинах преобладает тропическая растительность.
Животный мир Сальвадора не так богат. Это связано с высокой плотностью населения страны.
В Сальвадоре обитают такие животные как пумы, койоты, ягуары, центральноамериканские тапиры, девятипоясные броненосцы, широконосые обезьяны.
Также встречаются и североамериканские животные - это суслики, землеройки, полёвки, сумчатые крысы.
В Сальвадоре богата орнитофауна. Из рептилий в стране обитают игуана и боа-констриктор. Встречается много насекомых.