Почти половина всей площади страны покрыто лесами. Вечнозеленые тропические леса растут на побережье Карибского моря.
Мангровые заросли можно встретить на побережье Тихого океана. В среднем высотном поясе прорастают древовидные папоротники. Выше встречаются дубово-сосновые леса.
В стране также есть саванны и много пастбищ. В Гондурасе фауна разнообразнее, чем флора.
В Гондурасе обитают ягуары, пумы, широконосые обезьяны, тапиры, дикие свиньи, броненосцы, а также муравьеды и летучие мыши.
Из хищников в Гондурасе обитают рыси, оцелоты, медведи, а также волки и койоты. Орнитофауна страны также разнообразна.
Встречаются тинаму, гоацины, колибри, туканы. Среди рептилий встречаются крокодилы, которые водятся в реках. Обитают также гремучие змеи и ящерицы.